Course: Modelling of Physiological Systems

» List of faculties » FAV » KME
Course title Modelling of Physiological Systems
Course code KME/MFS
Organizational form of instruction Lecture + Tutorial
Level of course Master
Year of study not specified
Semester Winter
Number of ECTS credits 5
Language of instruction Czech, English
Status of course unspecified
Form of instruction Face-to-face
Work placements This is not an internship
Recommended optional programme components None
Lecturer(s)
  • Sladký Miroslav, Prof. Dr. Ing. DSc.
Course content
1) Cellular structure and mechanics, microreology, classification of processes in cells. 2-3) Introduction to modeling of cell membrane electrochemical processes, membrane potentials, reaction kinetics, transpot and diffusion, volume regulation. Hodggkin-Huxley model, calcium dynamics. 4-5) Cell motion and Cellular motors. Motion along microtubules (kinesin, dynein) and actin filaments (myosin). Actomyosin movement (cell division, muscle contraction), proton pump, cytoskeleton physiology. 6) Intercellular communication, chemical synapse, dendritic conduction, electric current in neurons, calcium waves, regulation of cellular processes. 7) Description of cardiac rhythm physiology, description of oscillations, pacemakers, arrhythmia, defibrillation. 8) Models of muscle contraction, differences in the physiology of smooth and striated muscles in the context of modeling. Huxley's model. 9) Microcirculation in the vascular system, modeling approaches. Blood rheology and hemodynamics, transport of oxygen and other substances. 10-11) Physiology of cardiovascular and lymphatic system, models of blood circulation in tissues. Pulmonary physiology, breathing, thermoregulation. 12) Modeling of tissue reconstruction and bone growth. Physiological processes, stimulation by mechanical stress. 13) Metabolism of hepatocytes and binding to microcirculation.

Learning activities and teaching methods
  • Attendance on a field trip (number of real hours - maximum 8h/day) - 3 hours per semester
  • Graduate study programme term essay (40-50) - 20 hours per semester
  • Contact hours - 62 hours per semester
  • Preparation for an examination (30-60) - 45 hours per semester
prerequisite
Knowledge
orientovat se v oblasti mechaniky kontinua a biomechaniky
vyjmenovat základní anatomické celky lidského těla
orientovat se v oblasti biomechaniky, popsat základní funkce orgánů.
orientovat se v oblasti diferenciálních rovnic
orientovat se v oblasti tenzorového, diferenciálního a integrálního počtu
orientovat se v oblasti numerických metod a algoritmizace
Skills
řešit základní typy diferenciálních rovnic analyticky i pomocí adekvátních numerických metod
řešit problémy a úlohy v mechanice poddajných těles a tekutin
využívat software pro statistické zpracování dat (experimentálních) a jejich grafické zpracování
využívat některý programovací jazyk pro numerické řešení jednodušších úloh z oblasti diferenciálních rovnic a nelineárních algebraických rovnic
Competences
N/A
learning outcomes
Knowledge
vysvětlit stavbu buňky a základní procesy na buněčné úrovni
popsat elektro-difúzní procesy a kinetiku chemických reakcí v kontextu fyziologických procesů
vysvětlit mezibuněčnou komunikaci, chemické synapse, eletrický tok v neuronech, regulaci buněčných procesů, buněčné motory a fyziologii cytoskeletu.
orientovat se v modelech svalové kontrakce, měkkých tkáních a tkáně kostí
orientovat se v principech tkáňového růstu a remodelace vybraného typu tkání, zejména kostí.
vysvětlit fyziologii srdečního rytmu, popsat oscilace, činnost pacemakerů, arytmii a defibrilaci.
orientovat se v popisu mikrocirkulace v cévním systému, transportu kyslíku a jiných látek.
vysvětlit fyziologii kardiovaskulárního a lymfatického systému, modely prokrvení tkání, fyziologii dýcháním a termoregulaci.
Skills
využívat odborných znalostí pro řešení některých jednodušších úloh z oblasti fyziologie tkání
pro daný případ (problém) analyzovat nároky na komplexnost modelu fyziologického systému, vybrat jeho rozhodující vlastnosti a jevy, které by měl popisovat
orientovat se v odborné literatuře zaměřené na modelování fyziologie tkáňových systémů a zpracování experimentálních studií
formulovat a řešit jednodušší úlohy pro simulace fyziologických procesů v tkáních.
samostatně vyhledávat relevantní informace o aktuálních vědeckých poznatcích v oblasti modelování fyziologických systémů
Competences
N/A
N/A
teaching methods
Knowledge
Lecture
Self-study of literature
Field trip
One-to-One tutorial
Skills
Interactive lecture
Practicum
One-to-One tutorial
Competences
Lecture
Practicum
assessment methods
Knowledge
Combined exam
Seminar work
Skills
Combined exam
Seminar work
Competences
Seminar work
Recommended literature
  • Dylevský, Ivan; Trojan, Stanislav. Somatológia 1. Martin : Osveta, 1992. ISBN 80-217-0534-5.
  • Keener, James; Sneyd, James. Mathematical physiology. New York : Springer, 1998. ISBN 0-387-98381-3.
  • Motáň,J. Základy anatomie a fyziologie. Učební texty. ZČU Plzeň, 1997.


Study plans that include the course
Faculty Study plan (Version) Category of Branch/Specialization Recommended year of study Recommended semester